Злой бизнесмен, наживающийся на химической промышленности, беззастенчиво сливает ядовитые отходы в городское озеро, куда также поступают стоки из канализации. Это превращает водоём в смертельную ловушку для местных жителей. Мутировавший под воздействием химикатов гигантский крокодил сделает это озеро своим домом.

Всё начинается с того, что парочка местных рыбаков отправляется на ночную рыбалку, не подозревая о смертельной угрозе, скрывающейся в мутной воде. Их встреча с агрессивным и огромным чудовищем становится началом цепочки ужасных событий. Город снова оказывается во власти страх, так как крокодил начинает истязать не только рыбаков, но и всех, кто осмелится подойти к озеру. "Аллигатор 2: Мутация" — это захватывающий триллер о выживании в условиях, где природа, превращённая в монстра, становится худшим кошмаром для человечества.