Когда-то гениальный ученый Сет Брандл объединил себя с мухой в машине телепортации. Он погиб, но его сын, Мартин Брандл, унаследовал тот же сумасшедший набор генов. В фильме «Муха 2» (The Fly II) распутывается судьба этого уникального мальчика. Внешне ничем не отличаясь от людей, Мартин растет неимоверно быстро; в пять лет он уже взрослый и работает над проблемой телепортации. Не зная правды о своем отце, Мартин доверяет коллегам, которые приписывают его быстрый рост редкой болезни. Однако, когда начинается необратимая мутация, становится понятно, что дело не в болезни. Узнав историю Сета, Мартин понимает, что ему врали всю жизнь, и он всегда находился под наблюдением. Сможет ли Мартин избежать судьбы отца и не стать объектом исследований? Увидит ли его девушка в монстре того парня, которого она полюбила? Удастся ли Мартину остаться человеком в теле чудовища?