Темный герой продолжает историю Шона Баркера, который после победы над корпорацией Кронос и зоаноидами пытается стать защитником своего города, используя свои способности Гайвера. Однако его борьба с преступностью омрачена жаждой крови самого доспеха, что приводит к постоянным душевным мукам и ночным кошмарам. Шон начинает фиксировать свои ужасные сновидения, надеясь найти ответы. Его внимание привлекают археологические раскопки в Юте, где наскальные рисунки напоминают его видения. По прибытию он встречает Кори, дочь возглавляющего исследования Марка Эдвардса. В одной из пещер он находит окаменелую морду зоаноида, и вскоре лагерь исследователей подвергается атаке. Шон осознает, что Кронос — лишь часть глобальной структуры, и ему необходимо остановить зоаноидов, прежде чем они завладеют образцами Гайвера. Его борьба с тьмой, как никогда, оказалась актуальна.