Главный герой, Райли Флинн, возвращается домой после долгих лет в заключении, страдая от терзаний совести и мучительных воспоминаний о своём прошлом. Пытаясь найти путь к искуплению, он воссоединяется с семьёй и старыми знакомыми, в том числе с бывшей девушкой, ожидающей ребёнка.

Однако спокойствие острова нарушает появление отца Пола, нового священника, который приносит с собой волну религиозного вдохновения и таинственные чудеса. Сначала жители восхищаются непонятными событиями, но вскоре они начинают осознавать, что каждое чудо имеет свою цену. Противостояние между верой и отчаянием, надеждой и страхом нарастает, обнажая темные стороны человеческой души. Полуночная месса — это история о борьбе с собственными демонами и цене, которую мы платим за искупление.